Организации и ИП обжалуют решения и действия (бездействие) налоговых органов в арбитражном суде. Перед тем как идти в суд, обязательно пройдите досудебный порядок обжалования (п. 2 ст. 138 НК РФ, ч. 5 ст. 4, ч. 2 ст. 189 АПК РФ, Постановление Пленума Верховного Суда РФ от 22.06.2021 №18).
Обязательный досудебный порядок обжалования применяется не ко всем актам (действиям, бездействию) налогового органа, а лишь к тем, которые связаны с налоговыми правоотношениями. Если деятельность налогового органа связана не с реализацией полномочий, установленных налоговым законодательством, а с осуществлением иных его функций, обязательный порядок досудебного обжалования не применяется. К такому выводу пришел Конституционный Суд РФ в Постановлении от 31.01.2023 №5-П. Подать заявление в суд можно в течение трех месяцев с даты, когда вы получили решение вышестоящего органа по вашей жалобе.
Заявление можете подать как в письменной, так и в электронной форме. Важно правильно составить заявление и приложить к нему все нужные документы, иначе суд не станет рассматривать его и вернет. Досудебный порядок будет считается соблюденным при одновременном выполнении двух условий (Постановление Пленума ВС РФ от 22.06.2021 №18): если вы выполнили все требования к порядку, сроку подачи, форме и содержанию жалобы, установленные в ст. ст. 139.1 — 139.2 НК РФ; отсутствуют предусмотренные в ст. 139.3 НК РФ основания, по которым вышестоящий налоговый орган может оставить вашу жалобу (апелляционную жалобу) без рассмотрения из-за нарушений, допущенных при ее подаче.
Правом подачи заявления или жалобы на действия и принимаемые ненормативные акты (включая решения) налоговых органов на основании ст. 137 и абз. 1 п. 1 ст. 139.2 НК РФ обладают следующие лица: граждане (физические лица и хозяйствующие субъекты, осуществляющие свою деятельность без образования юридического лица, то есть ИП); организации; их представители при наличии достаточных полномочий (доверенность, учредительные или иные документы юридического лица и т. п.). Иными словами, всякое лицо, которое полагает свои права нарушенными вследствие изданных актов налоговых структур или действий их должностных лиц, имеет право на их оспаривание в соответствии с порядком, определяемым законом.

При выборе органа, компетентного осуществлять разрешение налогового спора в каждом конкретном случае, необходимо руководствоваться следующими основными правилами:
разрешение налогового спора предполагает обязательный досудебный порядок, следовательно, на первом этапе оспаривания заявитель должен обращаться в налоговый орган, являющийся вышестоящим по отношению к тому, чье решения оспариваются — абз. 1 п. 1 и абз. 1 п. 2 ст. 138 НК; в случае непринятия компетентным налоговым органом решения по жалобе в установленные законом сроки, заявитель имеет право на обращение в суд за защитой своего права до вынесения такого решения — абз. 2 п. 2 ст. 138 НК; если разрешение налогового спора необходимо в сфере предпринимательской деятельности либо затрагивает иную экономическую деятельность налогоплательщика, то рассматривать его компетентен арбитражный суд — ч. 1 ст. 197 АПК РФ; налоговые споры, не затрагивающие предпринимательскую деятельность граждан и организаций, подлежат рассмотрению в судах общей юрисдикции — ст. 17 КАС.